Na rotina clínica de pequenos animais a cirurgia é fundamental como modalidade terapêutica efetivamente curativa e, em alguns casos, preventiva. Na cirurgia geral abordam-se os procedimentos eletivos de tecidos moles, tais como castrações, retirada de cálculos urinários, cirurgia de conduto auditivo, entre outras. No rol das cirurgias especializadas encontramos as cirurgias ortopédicas, oftálmicas e oncológicas, como retirada de tumores cutâneos, mandibulectomias (retirada tumores na cavidade oral), amputações, esplenectomias (retirada de baço), bem como cirurgias reconstrutoras.
Podemos ainda relacionar as cirurgias emergenciais como a remoção de corpos estranhos gástricos ou intestinais, ruptura de órgão devido trauma e cesarianas.